Kétféle koponyalékelésről van szó. Az egyik valódi, a koponyaüreg felnyitásával járt, és egy csontdarabot távolítottak el a koponyaűri vérzés miatt, amit általában sebesülés okozott. A jelképes lékelést valószínűleg nem gyógyászati beavatkozásként végezték a honfoglaló magyarok, inkább valamiféle sámáni szertatás része lehetett. Ennél a trepanációnál nem nyitották fel a koponyaüreget, csak egy kis részt kapartak ki a fej legmagasabb pontján. A műtétet nagyon ügyesen hajtották végre, ugyanis a seb legtöbbször szépen gyógyult és csak ritkán fertőződött el. A gyerekeknél nem végeztek koponyalékelést, csak és kizárólag a felnőtt nőkön és férfiakon. A kereszténység elterjedésével a pogány szokás is kihalt.

Érdekesség, hogy a 12. századból mégis találtak egy maradványt, akinél megfigyelhető a jelképes koponyatrepanáció. Különlegessége az, hogy III. Béla király (1172-1196) földi maradványának vélik a tudósok. Egyes elméletek szerint nem III. Béla, hanem Kálmán király (1095-1116) csontjait találták meg az ásatáson. A koponyalékelés szempontjából szinte mindegy, mert a lényeg, hogy a kereszténység felvétele után 100-170 évvel, magyar királyon pogány eredetű sámáni beavatkozás fedezhető fel.